Ein wichtiges Kriterium für die Auswahl von RFID-Systemen ist das Frequenzband, auf dem der RFID-Reader (Schreib- und/oder Lesegerät) mit dem Transponder kommuniziert. Dabei muss darauf geachtet werden, dass das RFID-System nicht von anderen Funksystemen beeinflusst wird oder andere Systeme davon gestört werden. Daher arbeiten RFID-Anwendungen auf den ISM-Frequenzbändern (ISM = Industrial, Scientifical, Medical), die vor allem für Anwendungen aus den Bereichen Industrie, Wissenschaft und Medizin reserviert sind.

Die folgende Tabelle fasst die Vor- und Nachteile der verschiedenen Frequenzbänder zusammen: